某天才黑客一手策划了囚犯越狱事件，谁知幕后操纵者镝木彻 (
中山裕介 饰)竟死于非命，尸体更被烧的焦黑。令人难以置信的是，科学搜查班(ST)的实际领导者赤城左门 (
藤原龙也 饰 ) 作为嫌疑人遭到逮捕。审讯过程中，赤城坦然认罪，他指控镝木犯下了不可饶恕的罪行才引来如此杀身之祸。然而罪行的本身是什么？赤城与死者又有怎样的恩怨？这一切始终无法明了。失去了领导者的科学搜查班，此刻面临解散的命运。未过多久，赤城从拘留所中逃脱。警方为了抓住他重新召集了青山翔 (
志田未来 饰 )、结城翠 (
芦名星 饰)、 黑崎勇治(
洼田正孝饰 )、山吹才藏（
三宅弘城 饰 ）等人。怪胎云集的ST班在极其关键的时刻讽刺般地重组，赤城曾经一手率领的最强团队而今变成了最大的敌人。
短暂而又漫长的两天后，百合根友久 (
冈田将生 饰 ) 作为ST的负责人参与到调查中来，不过他自始至终相信赤城是被冤枉的。经过缜密和耐心地调查，百合根终于根据电脑病毒的线索查到了神秘美女堂岛菜绪美 (
安达佑实 饰 ) ，可是早有人捷足先登将菜绪美劫持。百合根被迫与菜绪美的女儿小椿 (
铃木梨央 饰 ) 联手，持续追查赤城的下落。